命门在在腰部，当后正中线上，在第十四椎下，也就是第二腰椎棘突下凹陷，前方平神阙穴。
因本穴两肾之间，也和两侧足太阳膀胱经腧穴肾俞相平。因此有“生命之门”之称，是人体生命活动的动力源泉所在，命门穴的功能体现了肾阳的作用。对男子所藏生殖之精和女子胞宫的生殖功能有重要影响，对各脏腑的生理活动，起着温煦、激发和推动作用，对饮食物的消化、吸收与运输，以及水液代谢等都具有促进作用。因此认为命门是藏真火之穴，临床上命门火衰的症状基本和肾阳不足证多属一致。命门火衰主要表现为四肢清冷，虚损腰痛，或五更泄，男子阳痿，早泄，遗精，女子月经不调，痛经，宫寒不孕等虚寒之症。
《临床经验方》一书载有“壮阳方”一方，由命门和神阙二穴组成，采用灸法，命门用大艾炷灸，神阙用隔盐灸，不必拘泥于灸一定的壮数，要临床见到效果或赶到有热感从穴位直透体内。本方具有补肾壮阳的作用，灸命门可培补肾气，振奋肾经，使肾阳充盛；神阙属任脉，为生命之根蒂，灸之可扶阳固脱，二穴相配具有温肾壮阳、回阳固脱之效。
命门穴还可以采用自我推拿的方法来保健，由于穴在背后，自我推拿不是很方便，因此多采用擦法，方法是：半握拳，微屈腕，用腕关节的背面接触命门穴，上下摩擦，以透热为度，为防止皮肤擦伤，可涂一些按摩油或红花油之类的介质，同时用拳背擦双侧的肾俞穴附近的区域。经常擦命门穴可温肾阳、固肾气、强腰膝，延缓人体衰老。可用来防治疗阳萎、早泄、腰部冷痛无力、四肢困乏冰冷、腿部浮肿等症。
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